1.服用氟西汀的常见不良反应有：全身或局部过敏， 胃肠道功能紊乱(如恶心、呕吐、消化不良、腹泻、吞咽困难等)， 厌食，头晕、 头痛，睡眠异常， 疲乏，精神状态异常， 性功能障碍，视觉异常，呼吸困难等等。 对于正在使用单胺氧化酶抑制剂(MAOI)等药物者，应禁用氟西汀。对于肝功能不全者，氟西汀和去甲氟西汀的半衰期分别增至7天和14天，因此应考虑减少用药剂量或降低用药频率。

2.美国食品药物管理局公布指出所有抗抑郁药都有增加年轻人自杀可能性的风险。也有实验指出服用氟西汀后，对于小孩可能增加了自杀可能性，而对于成人则可能减小了自杀可能性。此外，亦有报道称服用氟西汀可能引起暴力倾向增强。 临床发现大剂量的服用氟西汀可能导致一些患者出现药物性孤独症。但是停用后症状会消失。